教育部長吳茂昆上任後爭議不斷，全國教師工會總聯合會對全台57位縣市長參選人進行問卷調查，17位回覆，其中16位認為他不適任教長、1位「不方便表態」；此外，沒有任何參選人認為吳茂昆適任，民進黨參選人甚至連一句「再觀察」都不願說。
吳茂昆個人爭議甚多，如國科會主委卸任後的5億補助案，在東華大學校長任內溢領獎助金、自己提案加薪近300萬元、自己請假自己核請假天數達6成、未經同意到美國開公司並擔任股東、未經同意即拿東華大學專利生產牟利等，遭到外界不少質疑。
全教總在5月7日發函給全台57位縣市長參選人，詢問他們吳茂昆是否適合繼續擔任教長，提供「適合」、「不適合」及「其他」等3個選項。經過一周後，回覆的有17位，其中16位認為「不適合」（13位國民黨、2位無黨籍、1位台聯黨籍），1位回覆「不方便表態」（南投縣長林明溱）。
大部分的縣市長參選人並沒有回覆，特別是現任的縣市首長，僅林明溱表示「不方便表態」。全教總理事長張旭政表示，從這結果看得出來，縣市因為教育經費有許多要靠教育部補助，在不願得罪教育部長下，選擇不表態。
「我比較意外的是，民進黨的參選人中，沒有任何一個人表態挺執政黨的教育部長。」張旭政表示，民進黨的現任或準備參選的人，對這個議題不表態或許不意外，但卻沒有任何人在「其他」欄位中，寫出類似「再觀察」等看法，倒是讓人訝異。
教育政策的利害關係人，家長與教師在這一段時間已紛紛表態，要求吳茂昆立即下台。據全教總統計，全國共有15個家長團體認為吳茂昆不適任，包括台北市、新北市、桃園市、台中市、台南市、高雄市等6都的主要家長團體。
張旭政表示，吳茂昆在任一天，「將是台灣最大的學閥」，跟他關係好的人或學校，可以分享到較多教育資源。在教育領域，非常重視言教及身教，但吳茂昆的道德標準這麼低，實在不適合擔任教長，民進黨應該推開這個教育發展的絆腳石，盡快讓他下台。
(中時 )
