白色恐怖綠島紀念園區位於綠島東北邊流麻溝一帶，19世紀初葉，原籍福建泉州同安的小琉球漁民分批遷移至綠島，建立公館、中寮、南寮、溫泉、流麻溝等聚落。日治時期，臺灣總督府在流麻溝成立「火燒島浮浪者收容所」，收容官方認定為害地方安良，情節重大之徒。
1949年5月19日，臺灣省警備總司令部發佈戒嚴令，其後，透過情治單位任意逮捕異議人士，臺灣進入戒嚴時期，在政府大肆濫捕下，造成臺灣省保安司令部軍法處看守所及國防部軍人監獄人滿為患。1951年初，臺灣省保安司令部著手整建位於臺東外海的「火燒島浮浪者收容所」舊有空間，同年4月1日，在該處成立「臺灣省保安司令部新生訓導處」，5月17日，將近千名政治受難者移監至該處接受感訓教育。
1955年，政府擬專設政治犯監獄，至1962年，終於在臺東縣東河鄉泰源村興建完成國防部泰源感訓監獄，於是在1965年，將監禁在新生訓導處的政治受難者移監臺東泰源感訓監獄。其後，1970年2月8日，因發生泰源事件，國防部決定在綠島另建專供重刑及案情特殊叛亂犯的監獄，1972年春天，泰源監獄和各地軍事監獄的政治犯遷入「國防部綠島感訓監獄」（綠洲山莊），直到1987年7月15日，解除戒嚴，該處不再關押政治犯。
1992年7月31日，臺灣警備總司令部裁撤，綠洲山莊舊有房舍移交法務部，1997年，法務部擇定綠洲山莊整建做為臺灣綠島監獄綠洲分監，整建期間，施明德等立法委員提案保留綠洲山莊，並設置史料館。惟2002年4月，「五十年代白色恐怖案件平反促進會」至綠島抗議，要求將新生訓導處舊址納入規劃，同年12月10日，陳水扁總統出席「綠島人權紀念園區」開幕典禮後，正式對外開放。
2004年，擴大綠島人權紀念園區範圍，納入新生訓導處遺址。2006年園區委由行政院文化建設委員會經營管理，2010年，在政治受難者陳孟和前輩協助下，完成新生訓導處第三大隊復原展示區，2011年新生訓導處全區模型展示館完工並對外開放，2015年，完成國防部綠島感監獄押房外役區復原，2017年，完成新生訓導處福利社、廚房、克難房復原，使得入園參觀的遊客，可親身感受政治受難者關押在綠島的情境，近年來入園參觀遊客已逾25萬人次，成為國內重要人權教育場域。
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