中研院3日舉行組改會，人文及社會科學組全體院士在綜合議案提案：「有關國立大學校長遴選制度與遴選結果，請教育部遵照大學法規定及精神，執行校長聘任事宜」，現場引發院士激辯，隨後隨即展開投票，贊同的票數過半數，中研院院長廖俊智宣布此案通過，現場響起掌聲。
中研院院士的提案，雖未提到管中閔與台大，但明顯與這起事件有關，因此成為中研院院士激辯的議題之一；會議在3日上午進行議案分組討論，人文社會科學組在會中提出臨時動議，即：「有關國立大學校長遴選制度與遴選結果，請教育部遵照大學法規定及精神，執行校長聘任事宜」，但會中討論時間不足，因此提到下午進行的綜合議案討論。
此案說明第一項為「有關國立大學校長之聘任，近日引起社會諸多爭議，宜盡速釐清」，第二項為「今大學法之規定與精神，在於尊重大學自由，對於國立大學校長之遴選，教育部僅負責程序之監督，不進行實質審查。建議教育部依據相關法令之精神，盡速釐清爭議，俾有利我國高等教育之發展。」
前教育部長杜正勝率先發言，強調對此案不贊成，並提到大會來討論；杜說，此案的提出是針對性的，但現行的大學遴選校長辦法施行，「跟我有一點關係」，因此想要加以說明。
杜正勝表示，台灣社會在90年代走向民主化、自由化，大學倡導教授治校，並在1994年《大學法》修訂並實行後，公立大學校長由官方指派的做法走入歷史，但當時公立大學校長採兩階段遴選，第一階段由學校遴委會投票，最高票的2至3人進入教育部遴選階段，但教育部圈選的人選，不一定符合學校預期，容易引發校方反彈。
杜正勝也提到，他在2004年出任教育部長，為落實大學自主，改成一階段遴選，即修訂《國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法》，並在2005年12月通過，由公立大學校長遴選校長，但最後還是要由教育部發布聘書，「大學校長遴選，教育部當然有責任，所負責的是監督的程序，如果程序上有瑕疵，教育部當然可以提出糾正。」
針對台大校長遴選案，相繼有兩任教育部長下台，杜正勝力挺教育部，認為教育部一路走來，維持程序監督，並非做實質審查，有守住2005年通過的大學校長遴選辦法修正目的。
而在杜正勝之後，隨後吸引諸多院士爭相發表意見，一名丁姓院士表示，此案為通案，許多大學都遇到相同狀況，管案拖太久，對政府的聲譽有所影響，期盼此案不要拖下去，並非要支持哪一方。
生命科學組院士周昌弘則說，教育部此案「掉了兩個部長」，這是非常不好的現象，明顯可看出政治力量介入，如今已進入司法程序，台大提訴願，外界應給予尊重，但中研院不應涉入爭議，建議撤銷提案。
中醫藥大學校長李文華則說，台灣的大學校長遴選是一個「Joke(笑話 )」，以投票方式遴選校長，宛如「走入歧途」，他建議重新討論大學校長遴選辦法，讓校長以獨立超然的方式帶領台灣高教，才是人文組該提出的。
會中中研院提出擱置動議，在出席138位院士中，只有44位贊成擱置，不通過，針對人文組提案表決時，同意票為80票，此案通過。
(旺報 )
