東京醫科大學為控制錄取人數，在醫學系一般入學考試中，針對女性考生以及重考3次以上的男性重考生暗中減分，還自訂一套不成文的減分辦法。
東京地檢特搜部在調查私立大學行賄文部科學省官員事件時，發現東京醫大內部自訂了一套操作考生成績的作業準則。相關人士透露，只有負責入學考試的學務課長以及前理事長臼井正彥、前校長鈴木衛掌握了這套準則。
相關人士向《讀賣新聞》透露，今年的一般入學考試中，在第2階段滿分100分的小論文考試評分時，先將所有考生的真正得分乘以0.8, 再針對應屆畢業及重考1、2次的男性考生加20分，重考3次的男性考生加10分，女考生及重考4次及4次以上的男考生一律不加分。
《每日新聞》取得東京醫大的內部資料，5年前的第2階段小論文考試的評分表中，由兩名老師各評50分(滿分100分)，真實分數的評分表列印出來後，再由專人用手寫的方式，在部分考生的成績上標示加分或減分過後的分數，最多的加到40分，加了30至40分的人也不在少數。相關人士透露，改分數的動作「是前理事長指示的」。
東京醫大第1階段的學測是採取電腦閱卷的答案卡作答，加上第2階段的小論文和面試等，評定出是否錄取。
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